臨床上小腸CT檢查主要觀察小腸是否有疾病狀態，即CT模擬小腸鏡。做CT模擬小腸鏡前，要吃瀉藥將腸道內食物殘渣，如糞便等，清理干凈。如果清理不凈，糞便黏在腸黏膜上會影響判斷疾病，增加判斷難度。小腸CT前除吃瀉藥將糞便清理干凈外，還需喝不透X光的對比劑。服用對比劑后進行CT檢查，可觀察小腸運動情況，如小腸蠕動是否順暢，以及小腸在擴張狀態下黏膜是否為疾病狀態、某處是否凹陷或凸出，有無異物及潰瘍等情況，可以幫助醫生進行判斷。