懷孕期間注射HPV疫苗，目前研究發現致畸率為0。通過10-20年HPV上市后的研究，以及上市前臨床試驗的研究過程中統計到的數據，孕期畸形率尚未發現。但注射疫苗后可能會出現輕微的副作用，如過敏、疼痛。雖然現在的研究數據沒有發現注射HPV疫苗后出現胎兒畸形、死亡或早產等，對妊娠或胚胎是否有影響目前還需要進一步的研究，可能要持續到幾十年以后。但不鼓勵在孕期注射HPV疫苗，注射疫苗期間一定要注意避孕，減少發生意外懷孕的可能。