寶寶打干擾素的副作用主要包括以下幾個方面：1、出現類似流感的癥狀：可以表現為乏力、畏寒、頭痛、全身肌肉酸痛等臨床癥狀，當停用藥物后，上述臨床癥狀會逐漸減輕和消失；2、對血液系統的抑制作用：部分寶寶可能會出現一過性的血紅蛋白下降或白細胞總數下降，同時伴有中性粒細胞的絕對值下降，另外一部分寶寶可能會出現血小板計數的下降，但多屬于暫時的癥狀，一般停用藥物后，血液的抑制作用會逐漸減輕和消失，全血細胞會逐漸恢復正常；3、其它副作用：部分寶寶會引起血脂異常，可能會出現甘油三酯升高。除此以外，可能會影響甲狀腺功能，甚至出現甲狀腺功能減退的現象。