長在男性肛門處的尖銳濕疣往往相對比較難治，主要由于患病部位潮濕、密閉、不通風。治療方法和長在別的地方，比如陰莖、陰囊、尿道口部位的尖銳濕疣相同，主要包括外用藥治療和物理治療。 外用藥常用5%咪喹莫特乳膏，大多數人涂咪喹莫特乳膏后局部會出現紅腫、糜爛等刺激反應，如果處理得當，一般2-3天就可以恢復，很少有人會發生持續反應，物理治療包括二氧化碳激光、液氮冷凍、微波等。