緊急避孕藥的代謝時間在3天左右，具體代謝時間取決于緊急避孕藥的種類，常用的避孕藥物包括孕激素、前列腺激素以及雌激素、孕激素混合劑型等，具體如下：1、單劑量高效價孕激素：以左炔諾孕酮為代表，服用以后一般在3-7天完全代謝干凈；2、前列腺激素：如米非司酮類藥物，代謝較快，一般在24-72小時內代謝完全；3、雌孕激素混合制劑：在3-7天代謝完全。緊急避孕藥主要通過干擾受精卵著床或改變宮頸黏液性質，影響精子進入或改變卵巢排卵情況，干擾排卵，達到避孕目的。激素類藥物可能會改變內分泌環境并影響排卵，特別是孕激素和雌激素藥物，不能作為常規避孕方式，只是避孕失敗的補救手段。