灰指甲在臨床上的學名稱為甲真菌病，一般是由皮膚癬菌引起的更多，但是目前也有其它的病菌，比如曲霉或者念珠菌也可以引起甲真菌病，俗稱為灰指甲。甲真菌病歸為淺部真菌病的范疇，治療時需要口服抗真菌藥物，目前常用的口服藥物是伊曲康唑、特比萘芬，原來也使用過氟康唑，都具有效果。不同的病菌，可能伊曲康唑抗菌譜更廣，或者特比萘芬，氟康唑主要是針對念珠菌感染引起的有效。外用藥里還有一種是環吡酮胺甲涂劑，與阿莫羅芬成為比較經典的外用甲癬藥物，但是通常是要聯合口服藥，才能效果比較好，即伊曲康唑、特比萘芬，應用于部分由念珠菌感染引起的患者，口服氟康唑也會有效。