尖銳濕疣治療方法較多，包括外用藥物、物理治療，如激光或者冷凍，外用藥物一般常用鬼臼毒素、咪喹莫特乳膏、5-氟尿嘧啶等，物理治療主要包括激光、冷凍、光動力治療、中醫中藥治療等等。如果是巨大型尖銳濕疣，可以采用手術切除方法，通常根據皮損大小、部位、多少、患者時間和經濟情況進行個體化治療，有的是聯合治療，包括物理治療跟藥物聯合。尖銳濕疣愈后一般良好，治愈率也比較高，但是各種治療均有復發可能性，通常僅僅物理治療，復發率更高。光動力治療復發率較低，因為臨床尖銳濕疣呈現三種疾病形態，當物理治療的時候，比如激光冷凍，僅僅是祛除顯性疣體，甚至涂上醋酸白亞臨床感染病變，而對于潛伏感染和亞臨床感染，可以借助于光動力治療。光動力治療往往在疣體周圍1cm左右涂光敏劑，通過光的照射，可以達到病變清除的目的，從而減少尖銳濕疣復發。 尖銳濕疣的治療是一個方面，機體免疫力也是非常重要的方面，因此患者應盡可能地提高機體免疫功能，因為免疫功能增強，尖銳濕疣的亞臨床感染就可以轉化成潛伏感染，甚至達到病毒清除。目前任何治療方法都不能完全根除HPV病毒，尖銳濕疣判斷的標準是祛除增生疣體、改善癥狀和體征。一般在治療后3個月內，治療部位沒有再生疣體即為基本治愈，6-8個月時間沒有疣體復發，判斷為臨床治愈。