三叉神經痛微血管減壓手術有風險，任何手術都有風險。微創手術本質上有創，只是相對過去的手術效果更好、風險更小，但不能跟患者說該手術絕對沒有風險，這是誤導患者的方法。除了血管減壓之外，還有其它方法處理疾病。 三叉神經痛微血管減壓術的風險主要存在于挑起大的血管壓迫神經離開原來位置，滋養血管被拉直時，神經的血供可能會受影響。供血若影響到腦干時，可能會造成較嚴重的并發癥。雖然并發癥的發生率很小，但還是有這種可能性。