細菌性痢疾如果采用灌腸的治療方法，主要采取左側臥位。因為細菌性痢疾主要的病變部位在直腸和乙狀結腸，如果采取左側臥位，注射藥物可以很好達到病變部位。灌腸主要針對慢性細菌性痢疾，而慢性細菌性痢疾一般是急性菌痢如果沒有及時治療，或者療程不夠轉為慢性。一般是病程在2個月以上，患者出現持續的病情不好轉或者間斷的、反復的急性發作。經過長期的或者小劑量長療程的抗菌藥物治療之后，患者病情仍然不能夠緩解，這時可以考慮應用灌腸的治療方法，也可以應用鹽酸小檗堿類的藥物稀釋后進行灌腸。通常是在100-200ml稀釋液里，加上藥物保留灌腸，保留的時間一般在20-30分鐘，所以會選擇比較好的體位，讓局部灌腸的藥物能夠更好達到病變部位，這樣才會起到比較好的治療效果。