尿道尖銳濕疣通常長在尿道口，需將尿道口輕輕撥開，再用冷凍、二氧化碳激光或光動力的方法治療。物理治療后經過一定時間再復診，需要反復就診，直到徹底治愈，所以遵醫囑較重要，因為醫生會告訴患者復診的時間。通常物理治療配合藥物治療效果較好，即物理治療結束后再配合干擾素凝膠、口服免疫調節劑或肌肉注射免疫調節劑治療，花費時間較短但可達到患者滿意的程度。如果僅進行物理治療，不使用藥物配合，治療周期會較長，且部分患者免疫力較低，可導致疾病反復不愈，治療時間可長達幾年。所以需向患者解釋清楚，可配合口服免疫調節劑、外用抗病毒藥物治療。