多發腎囊腫的治療，主要應根據囊腫大小及性質判斷。少數囊腫存在惡性可能，此時可切除部分腎臟或切除整個腎臟，將囊腫從腎內完整切除。多數良性囊腫常見治療方法如下:一、囊腫較小：如5cm以下的囊腫一般對腎臟無壓迫癥狀，多數無需積極處理，每年定期體檢復查即可。二、囊腫較大：1、腎囊腫去頂減壓術：如囊腫超過5cm或出現壓迫癥狀，可采用手術治療，將囊腫暴露于腎外部分囊壁切除，將囊液吸出即可；2、穿刺抽吸：一般在B超引導下使用穿刺針刺入囊腫內將囊液吸出，再注入硬化劑可減少囊液分泌，從而預防囊腫復發。