替硝唑較少用于治療尿路感染，主要應用于以厭氧菌感染為主的口腔疾病。尿路感染以革蘭氏陰性桿菌為主，通常選擇抗生素治療，如頭孢類、喹諾酮類，如氧氟沙星、環丙沙星。大環內酯類如阿奇霉素、紅霉素。四環素類，如美滿霉素、多西環素及磷霉素等。對于特殊尿路感染患者或進行尿液培養發現存在厭氧菌時，也可使用替硝唑類抗生素進行治療。同時尿路感染需根據感染部位和嚴重程度選擇治療藥物，通常口服抗生素即可，且治療療程1-2周。臨床癥狀消失、尿常規檢查白細胞轉陰，即為治愈。對于較為嚴重感染，如急性細菌性膀胱炎、急性附睪炎、急性細菌性前列腺炎、急性腎盂腎炎等，則需靜脈注射抗生素，可以較快控制感染發展。癥狀減輕后可以改用口服抗生素繼續治療，直至癥狀消失且各項檢查恢復正常，可考慮停用藥物。同時尿路感染治療需要注意消除誘因，進而減少復發概率。