患者宮外孕期間通常不會排卵，因為此時體內的雌孕激素水平會隨之升高，尤其是活的宮外孕，即可以觀察到卵黃囊、胎心等的宮外孕。患者體內的激素水平，無論是血HCG(絨毛膜促性腺激素)、雌激素，還是孕激素，均可能與正常懷孕差不多。即使不是活的宮外孕，只要有活性，體內也會有雌孕激素、HCG水平升高。在高水平的雌孕激素環境下，卵巢排卵通常會被抑制，即不會發生正常排卵，因為卵巢沒有接收到排卵信號，接收到的是懷孕信號。宮外孕通常生長于宮外，生長環境較差，少數患者的胚胎可能自行消亡。例如受精卵雖然著床在輸卵管上，但因為本身質量較差，且周圍環境供給的養分和血液不足，則可能會有自然消亡的過程。部分患者可能選擇保守治療，將胚胎殺死，會導致體內的激素水平隨之下降。在孕激素和雌激素水平下降到比較低的水平時，卵巢可能會恢復排卵。