花斑癬根治首選抗真菌藥物，可以控制皮膚表面寄生的馬拉色菌，比如外用的抗真菌藥物，如聯苯芐唑乳膏、酮康唑乳膏、鹽酸特比萘芬乳膏，外用治療花斑癬均比較有效。頑固的花斑癬還可以考慮口服抗真菌藥物，比如伊曲康唑。在使用藥物治療的同時還要加強皮膚的清潔衛生，以減少花斑癬菌的再感染或復發。馬拉色菌是人體皮膚表面正常的寄居菌，并不致病，只有在某些條件下才會由孢子相轉變為菌絲相，導致皮膚花斑癬的癥狀。引起馬拉色菌致病的條件，一方面可能與外界環境、氣候有關，比如高溫、潮濕的環境，這時馬拉色菌容易過度繁殖，另一方面是皮膚表面汗或油脂過多，馬拉色菌也容易繁殖。所以一定要加強皮膚的清潔衛生，祛除皮膚上過多的油脂、污垢等，才有利于花斑癬的控制。有些人花斑癬反復發作可能是基礎疾病，導致機體的免疫功能下降所引起，想要根治便要積極控制基礎疾病，比如糖尿病等，才可能根治花斑癬。