第二代試管嬰兒主要是適合受精障礙的患者，即精、卵不能夠自然結合的患者。這類患者多見于男性，如重度的少、弱、畸形精子癥。將此男性的精子與母體的卵子放在培養皿里，精子和卵子并不能夠自己完成受精過程。女性卵母細胞出現異常，亦可能導致精卵不能自然結合。這類患者就需要選擇第二代試管嬰兒。第二代試管嬰兒是在高倍的顯微鏡下，將卵母細胞固定在一端，另一端有比頭發絲還要細的針，將一個精子抓到針里，然后注射到卵母細胞中，被動激發受精過程完成。第一代試管嬰兒是將精子和卵子放在培養皿里，讓其自己完成受精過程。第二代試管嬰兒是被動性的，包含人為操作因素。所以第一代、第二代試管嬰兒，為針對不同的人群采用的方式。第一代試管嬰兒，精子和卵子的自然結合無異常。第二代試管嬰兒，主要針對精子和卵子的自然結合有異常的患者。采取第二代試管嬰兒，并非因為其技術比第一代試管嬰兒高級，而是針對不同的適應證來進行選擇。如果精子和卵子無法自然結合的患者，建議做第二代試管嬰兒，如果精子和卵子可以自然結合，建議做常規的第一代試管嬰兒。