不適用于宮頸癌疫苗的患者，主要有以下幾類：1、對于疫苗的輔料，或者本身疫苗成分過敏的女性不適用；2、已經懷孕或者備孕的女性不適用，如果使用疫苗后發現懷孕，疫苗后續針劑需要推遲；3、處在疾病急性期，比如發燒或者患有肝病等情況下，需推遲注射；4、已經患有宮頸癌的患者，不適合注射宮頸癌疫苗。研究表明癌前病變的患者，手術或者物理治療之后，如果注射宮頸癌疫苗，整體HPV轉陰率會比沒有使用疫苗的患者顯著增高。已經患有癌前病變，即宮頸上皮內瘤變的女性，也適合注射宮頸癌疫苗。特殊患者，比如有免疫缺陷的患者，有系統性紅斑狼瘡等患者，也適合注射宮頸癌疫苗，有免疫缺陷的患者，推薦優先注射宮頸癌疫苗。特殊患者，比如腎透析，或者患有長期慢性疾病的患者，可能會危及生命，需評估注射疫苗之后短期內是否會有生命危險。如果生命周期有2-3年，疫苗不會起到明顯的保護性效果。