使用呼吸機尤其是有創的呼吸機的并發癥，與機械通氣、病人的基礎體質以及原發疾病緊密相關。長期使用呼吸機可能引起多個并發癥例如呼吸機相關性肺炎、肺不張、與呼吸機機械通氣相關的肺損傷、呼吸道梗阻以及氣管食管瘺、喉損傷、氣道損傷、過度通氣或通氣不足和呼吸機相關性肺損傷等，其中常見并發癥如下：1、呼吸機相關性肺炎：使用呼吸機時氣道開放，通過口腔呼吸空氣時，部分致病菌不能夠在鼻前庭過濾，而直接進入患者體內，便容易形成呼吸相關性肺炎；2、肺不張：氣道形成開放后，氣道的纖毛不能夠正常的運行，部分氣道的分泌物不能及時排除，導致堵塞下面的支氣管而形成肺不張；3、機械通氣相關的肺損傷：正壓通氣可以損傷支氣管和肺泡，從而形成機械通氣相關的肺損傷；4、氣道、喉損傷：由于氣管的壓迫氣道形成氣管、支氣管瘺，同時由于氣管插管經過喉腔和聲帶，所以可能會損傷喉以及氣管；5、其他并發癥：由于機械通氣本身控制的原因，可能造成通氣不足或過度通氣，長期使用呼吸機后還可能形成呼吸機的依賴。