腦分水嶺梗死的輔助檢查和其它腦梗死相同，首選檢查是腦CT，因為需要確定是梗死還是出血，CT最直接、最容易進行鑒別。一旦病人出現出血，在CT上立即能夠顯影，顯示出來是高密度改變。而對于腦梗死，盡管在CT上不能立即表現出梗死病灶，但可排除腦出血，對于治療存在非常重要的意義，所以首選檢查是腦CT。 若病人CT無顯影，則需要進行頭部磁共振檢查，從而進一步明確。若檢查結果顯示兩根血管交界區的梗死或分散梗死，考慮病人是分水嶺梗死。其它方面的檢查則是從病因方面尋找原因，查明病人是何種原因導致的腦分水嶺梗死，如血液檢查，檢查血液成分有無改變，如紅細胞、血小板是否增多，以及凝血檢查，如纖維蛋白原，還有其它血液檢查，如血脂、血糖是否增高，并進行血液粘稠度檢查。此外還有其它輔助檢查，如頸部血管超聲，檢查病人頸部血管有無斑塊、血管有無狹窄，亦為非常重要的檢查。