小兒直腸給藥的優點就是不通過口服進行給藥，可以避免小兒吃藥困難的情況。有很多小兒可能會抗拒經過口服給藥，拒絕口服給藥的時候，通過直腸給藥可以緩解這種情況。另外小兒通過直腸給藥可以避免消化道的刺激，有些小兒消化道癥狀比較明顯，有惡心、嘔吐或者一些食欲不好的現象，通過直腸給藥可以避免消化道的損傷。再有直腸給藥相對直腸周圍的血運比較豐富，可能比較快速的吸收藥物，相對起效可能會比較快。所以直腸給藥有時候在一些緊急狀態下，可以通過直腸進入進入體內，緩解小兒的疾病狀態。直腸給藥也存在一些問題，因為本身直腸部有些小兒會有一些糞便，這種給藥方式有可能會排泄，其劑量就可能出現一些不準的情況。再有反復直腸給藥，可能會對直腸黏膜造成損傷，造成局部的充血、水腫，可能會造成小兒排便困難或者是肛周出現炎癥反應。反復直腸給藥造成刺激以后，容易造成小兒出現肛門的一些問題，如出現肛周水腫、肛裂或者是出現脫肛等一些不良現象。