多數腎結石患者并沒有特別明顯的癥狀，多通過體檢發現。因為本身腎臟空間比較大，結石通常并不會造成梗阻、積水，不會造成腎臟明顯疼痛的感覺。如果結石掉落到輸尿管，產生梗阻導致腎積水，患者可出現比較明顯的腎絞痛癥狀。而當患者腎結石較多、較大時，則可能會產生積水，造成腰痛不適的癥狀，但多數并不是非常劇烈，可能是隱痛不適的癥狀。另外，當患者進行劇烈活動，如長距離的跑步之后，同樣可出現血尿。因為結石在運動過程中，可能與腎盂、腎盞產生摩擦，從而可以導致出血。而部分患者可出現感染相關的癥狀，因為結石比較容易引發泌尿系感染，可引發腎盂腎炎的表現，比如發熱、腰痛等。