右側卵巢囊腫的治療，需要結合具體情況來定，具體如下：1、生理性的囊腫：可以定期觀察，一般囊腫直徑＜5cm，在月經以后會消失。如果持續存在或者不是單純性囊腫，伴有分隔或者有高回聲，需要手術治療。根據術前的判斷，結合腫瘤標志物和CT的結果，如果是良性，可以考慮進行腹腔鏡檢查，必要時術中送冰凍病理判斷良惡性。如果術前高度懷疑是惡性，要結合具體的期別。如果是早期，可以進行全面分期手術，需要開腹手術；如果已是晚期，有可能需要先做新輔助化療，這時候可以做腹腔鏡，取病理活檢以后盡快化療，化療幾個療程以后，再進行全面的分期手術；2、巧克力囊腫：如果是巧克力囊腫直徑＜4cm，可以給予藥物治療，包括口服避孕藥，GnH類藥物、地諾孕素等。如果直徑超過4cm，有手術指征，也可以考慮手術治療，術后還需要繼續用藥，防止復發。