胃鏡既可經過鼻腔檢查，也可通過口腔檢查，多數兒童采用經口腔行胃鏡檢查。經過鼻腔做胃鏡主要為鼻胃鏡鏡身較細，通過鼻腔進入可以減少對咽喉部刺激，減少惡心反射。 兒童多數經口腔做胃鏡檢查，胃鏡從口腔進入，經過咽喉部進入食道。然后進入胃內行胃腔檢查，以及活檢檢查。部分情況下可使用鼻胃鏡，經口腔做胃鏡檢查。對于特殊兒童，如兒童張口受限，正常直徑的胃鏡無法進入時可選用鼻胃鏡。少數患者如有腐蝕性食管炎，吞食強酸、強堿后造成食管狹窄，或者食道閉鎖術后食道狹窄。正常胃鏡無法進入，會用鼻胃鏡經口檢查，可以通過狹窄部位。 總之，在麻醉狀況下無痛胃鏡檢查時，惡心反射并不明顯，多數患兒可以耐受經口做胃鏡檢查。