腦神經官能癥的治療，要根據治療的效果，反復排除一些器質性病變，以免貽誤診斷和治療。如果排除一些器質性病因，進行腦神經官能癥的治療，主要是應用一些抗焦慮、抗抑郁的藥物，如舍曲林、百優解(鹽酸氟西汀)、西酞普蘭、艾司西酞普蘭、黛力新(氟哌噻噸美利曲辛片)，以及文拉法辛、度洛西汀。甚至可以應用一些奧氮平、米氮平等進行治療，可以單藥治療，也可以進行聯合治療。如果還伴有失眠，還可以加用一些鎮靜催眠類藥物，如安定類藥物，以及唑吡坦、右佐匹克隆等非苯二氮?類藥物進行治療。部分患者還可以輔助一些中醫中藥治療，如烏靈膠囊、安神口服液、安神補腦液等。同時也可以到中醫科就診，進行辨證論治，進行一些非成藥的治療。建議平時的生活更加規律，適當進行一些運動，同時可以進行一些心理疏導治療。所以腦神經官能癥，建議通過以上綜合治療，會取得比較好的效果。