蝶竇炎的治療一般首先采用藥物，治療一段時間以觀察效果。如果藥物治療效果良好，能夠快速緩解病狀，也可以避免手術治療。治療蝶竇炎時，首先可以使用鼻腔生理性海水進行鼻腔沖洗，沖洗后盡量將鼻涕清除干凈，然后使用鼻噴激素。另外，可以適當使用口服的白三烯受體拮抗劑，如孟魯斯特。如果懷疑存在細菌感染，可以加上口服抗生素，如阿莫西林克拉維酸鉀。急性病變治療7-10天，而慢性鼻竇炎需治療至少3周。對于慢性蝶竇炎，必要時還可以口服激素，如潑尼松，連續治療7-10天。若經藥物治療后病狀仍未緩解，應考慮手術治療。由于蝶竇的位置較深，有時僅通過藥物治療難以取得良好效果。手術通常為鼻內鏡下蝶竇開放手術，將蝶竇口打開并清除竇內的感染物。此外，霉菌性鼻竇炎是一種常見病，尤其在糖尿病或其他慢性疾病患者中。對于霉菌性蝶竇炎，只能通過手術治療，藥物治療無確切療效。