雙腎多發腎結石的治療相對較復雜，因為在結石的治療當中可能會造成雙腎的引流不暢，嚴重者可以出現腎后性的腎功能不全，因此在處理上應當相對慎重。但是目前的技術，不管是用自行排石，或者是溶石，或者是手術碎石、體外沖擊波碎石等綜合治療下，對于結石的清除沒有太多問題。但是需要強調的是一點，往往這種結石如果經常性的多發或者復發，則要考慮是否存在結石發作的泌尿系統因素。眾所周知，在結石的發病機制當中，包括了外界因素、個體因素、泌尿系統因素和尿液的成石因素。如果僅僅處理結石，可以將結石清除干凈。但是由于其成石的因素并沒有去除，可能在治療后很快地復發。在諸多的因素當中，一些疾病往往是引起結石復發的主要因素，比如甲狀旁腺的功能亢進、泌尿系統梗阻性的問題，這都是誘發結石復發的原因。因此出現這類問題的時候，應當積極的處理原發病，才是治療雙腎多發結石的主要手段。