腦脊髓炎大部分可治好，若為病原微生物直接侵犯機體，如細菌、病毒感染，給予足量、足療程抗病毒、抗菌藥物治療基本可治愈。若不加特別說明的腦脊髓炎，通常指由于自身免疫反應引起的自身性腦和脊髓炎癥，可表現為頭痛、頭暈、肢體運動障礙、感覺障礙、二便障礙甚至為抑制障礙等嚴重狀態。急性期治療需進行大強度3-7天的糖皮質激素沖擊治療，若條件允許，可同時使用免疫球蛋白和血漿置換清除體內血液中的致炎物質。當急性期治療大概2周后患者會有明顯改善。此時可能還需繼續口服激素，同時口服免疫抑制劑。通常全程治療不少于3個月，后續口服藥物大多數患者可痊愈。部分嚴重疾病，如播散性腦脊髓炎可危及患者生命，部分嚴重腦脊髓炎可能留下不同程度后遺癥，但有2/3左右的患者可恢復。部分患者中大概有10%復發可能，并且隨復發次數的增多，預后逐步下降。