先天性隱性脊柱裂較輕時，孩子會出現疼痛，如腰背痛、下肢痛，手術以后基本能夠消失。癥狀稍微重的孩子可能出現尿床或者白天小便憋不住、便秘等，再嚴重點的情況是一蹦一跳小便或大便就會漏出。最嚴重的情況是完全尿失禁或者大便失禁。如果隱性脊柱裂存在脊髓栓系，通常在孩子1-2歲不會發病，因為孩子身體長得慢，所以栓系還不夠緊。到孩子快速生長時，如4-6歲就開始長得高，所以栓系牽拉開始逐漸拉緊，從而出現癥狀。