小腸瘺的癥狀根據小腸瘺炎癥程度的不同而不同，如果小腸瘺的情況較輕，能看到小腸液經過皮膚或者引流管流出體外，如果小腸液沒有留在腹腔里，癥狀可能相對較輕。 如果是比較嚴重的小腸瘺，或者患者存在多個小腸瘺，小腸液殘留在腹腔會引起比較嚴重的彌漫性腹膜炎。病人會出現發熱、腹痛，嚴重時會出現全身炎癥的反應綜合征，包括呼吸增快，心率加快，甚至后期出現血壓下降等情況。 此外，高位小腸瘺和低位小腸瘺的癥狀也存在差別，高位小腸瘺靠近屈氏韌帶，消化液有腐蝕性，漏到體外能看到病人腹部瘺口周圍皮膚出現明顯紅腫，低位小腸瘺對皮膚腐蝕較輕。長時間出現小腸瘺，患者還會出現全身營養不良、電解質失衡、貧血，呈現消耗性疾病的狀態。