肛門損傷后通常不需要涂抹特殊藥物，保持肛門的干燥、清爽，防止被大便污染即可，可以使肛門損傷正常愈合。如果一定要用藥物，可以應用外用抗生素，如紅霉素軟膏，涂抹到患處后可以預防感染，屬于預防性用藥。此外，還可以在肛門周圍涂隔離性藥物，比如氧化鋅軟膏，使肛門口的皮膚與大便隔離開。對于肛門損傷，最主要的處理方式是有效管理排便，即排完便后做好肛周創面的清潔工作。完全不建議口服抗生素治療，用外用局部抗生素軟膏能夠達到治療的目的。