胃鏡打麻藥相當于全麻，因此會有副作用。全麻胃鏡即無痛胃鏡，有一定風險，在全麻的情況下，患者會出現心跳減慢、呼吸暫停、血壓下降，甚至還會出現潛在的神經系統問題。如果準備做無痛內鏡或麻醉，需要進行術前的麻醉評估，如果麻醉當天自身情況經麻醉醫生評估不適合麻醉，則不能進行麻醉的內鏡，一般都是靜脈打麻醉藥，減少患者在進行內鏡檢查時的不適感，以及改善內鏡的體驗度。術后麻醉藥很快可以從體內消散，不會再有術后的副作用，少數患者由于藥物代謝慢，可能會出現惡心、頭暈、醒得比較慢的現象。