腔內的彩色多普勒超聲檢查，會有一點點不適。比如女性最普遍的一種檢查方法，就是經陰道的彩色多普勒超聲檢查子宮、卵巢、輸卵管，以及盆腔的一些情況。因為探頭置于陰道內，距離檢查的目標非常的近，所以成像很清晰，能夠檢查非常微小的病變，也是在通常婦科超聲檢查中最普遍應用的一種檢查項目。在檢查的過程中，只是略略有一點點感覺，不會有明顯的疼痛和不適。對于少數的女性，如沒有結婚、沒有性生活，或者出現陰道的出血、陰道做過一些手術等，沒有辦法進行經陰道的超聲檢查，就需要采用經直腸的超聲檢查。在這種情況下，可能會略微有一點不舒服。還有對于男性，前列腺和精囊腺也要做經直腸的超聲檢查。檢查過程中患者需要放松，可以做深呼吸，醫生緩緩地將探頭在充分耦合的情況下，耦合指的是在表面涂抹上足夠的耦合劑，然后再緩慢地進入到直腸腔內進行檢查。絕大多數患者都能夠耐受這個檢查，略有不適，但不會非常的疼痛。