B超檢查沒有明顯副作用，因為現在醫學所用的診斷超聲，在儀器上對安全性的考慮非常充分，每次超聲檢查對機械指數都有標準設定，目前沒有證據證明B超會給人體帶來傷害。對于特別嬌弱的器官，如眼球檢查、孕早期檢查，臨床所考慮的細節會更多，會降低機械指數，而且會控制檢查時間。特別是在早孕時，會建議孕婦不要做過多的超聲檢查。因此，如果是在常規的檢查值范圍之內，只是做常規的檢查，或者半年做一次超聲檢查，一般認為不會給人體帶來副作用。 雖然超聲本身與人體之間有相互作用，稱之為生物學效應，常見的有機械效應、熱效應、空化效應，但是這些生物學效應往往是在超聲的聲強比較高、持續的時間也比較長時才會產生，有時甚至可以利用這些性能對人體進行治療，如海扶刀是利用超聲的熱效應，對人體良性腫瘤進行治療。常規做B超檢查是診斷用的超聲，不會產生以上效應。