兒童結膜炎根據病因進行治療，大致情況如下：1、兒童感染性結膜炎：兒童結膜炎主要適用于兒童用藥，首選抗菌素眼藥水，如妥布霉素滴眼液，不能使用喹諾酮類滴眼液，包括氧氟沙星滴眼液、左氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液。喹諾酮類眼藥水，對于兒童的干骺端發育有影響，使兒童的身高受影響，同時其具有腎毒性和耳毒性，兒童結膜炎使用夫西地酸眼藥水較安全。病毒性結膜炎，兒童用藥和成人無區別，同樣使用更昔洛韋眼用凝膠，其使用差別主要是在于劑量、頻次，使用劑量減半，成人1天用4次眼藥，兒童用藥1天2次。同時可以聯合眼表修復劑，如堿性成纖維細胞生長因子滴眼液、表皮細胞生長因子滴眼液。兒童結膜炎不建議使用非甾體類消炎藥，其對眼表的損害比較大；2、兒童非感染性結膜炎：主要使用弱效抗菌素眼藥水，如妥布霉素滴眼液。同時尋找其病因，根據其病因治療過敏性兒童結膜炎，主要是避開過敏原，比如花粉、塵螨以及空氣污染，其他結膜炎，如眼瞼腫脹，或者熬夜沒有休息好，只是需要改變作息習慣即可。