如果尿道炎合并了前列腺炎，此時首選的治療就是抗感染治療，可以根據具體病原微生物檢查結果，選擇合理用藥。通常對于尿道炎合并有前列腺炎，推薦的用藥主要是能通過前列腺包膜的藥物，常用的藥物像喹諾酮類藥，比如左氧氟沙星，往往作為一線藥物使用。如果不能排除是支原體、衣原體這種特殊病原微生物的感染，需要加用大環內酯類或者四環素族的藥物來聯合治療，同時要應用改善癥狀的藥物。這類患者可能存在排尿異常，比如尿頻、尿急、尿痛的刺激癥狀，或者排尿費力的梗阻癥狀，可以應用α受體阻滯劑緩解癥狀，如坦索羅辛。如果有嚴重的尿頻癥狀，可以應用M受體阻滯劑來減輕尿頻，如托特羅定。如果有疼痛癥狀，可以聯合應用非甾體類的消炎鎮痛藥，比如布洛芬。同時還可以應用植物制劑或者中醫藥制劑，因為這類制劑能起到非特異性的抗炎作用，治療往往是多種藥物的聯合應用。