盡管霧化用藥有很多優點，但是并不是所有的藥物都適合霧化，有些藥物脂溶性低，在肺部停留時間短，不適合做霧化用藥，比如地塞米松。靜脈制劑中因為常常含有防腐劑，吸入后可以誘發哮喘發作，也不適合做霧化，比如說氨溴索。中成藥因為沒有霧化劑型，無使用證據，也不推薦做霧化使用。 較常用的霧化吸入藥物有吸入糖皮質激素，比如布地奈德；支氣管舒張劑包括特布他林、沙丁胺醇、異丙托溴銨等；另外還有化痰藥，比如吸入用乙酰半胱氨酸。 一般情況下，根據疾病的不同或者病情的不同階段，選擇不同的霧化吸入藥物，有時單獨用藥，有時需要聯合使用。比如較常用的激素類布地奈德和支氣管擴張劑特布他林或者沙丁胺醇一起使用，這種情況較多。另外如果有痰，可以再加用化痰藥乙酰半胱氨酸。