兒童心肌酶高，使心臟得到充分休息，需限制運動、活動量。兒童心肌酶高盡量避免跑、跳、爬山、游泳、騎滑板車、騎自行車等，減少心肌損害，心肌酶才能逐漸恢復正常。心肌酶高通常需給予營養心肌治療，給予心肌賦能藥物，讓受損的心肌得到修復。如給予16-二磷酸果糖、輔酶Q10，常用營養心肌治療來治療心肌酶增高。如果心肌酶增高，由于心肌疾病或者心肌梗死所引起，要針對引起心肌酶增高的病因來處理。如心肌炎引起來的要給予丙球、腎上皮質激素也稱強的松等進行治療。兒童引起心肌酶增高有其它少見病因，如由于肌肉受損所引起，不是單純心肌受損，整個肌肉系統有先天性的肌肉病，常見肌營養不良，引起來心肌酶增高，主要針對肌肉病來進行處理。因為心肌病，由于先天性基因缺陷引起，從根本上解決不了問題，不能以降低心肌酶作為目標，維持心臟功能和肌肉功能為主要治療目標。兒童心肌酶增高比較復雜，兒科心血管疾病有時不一定就是心臟疾病所引起，可能由肌肉疾病、代謝性疾病所引起，如丙酸血癥也可以引起心肌酶增高，需矯正代謝紊亂，心肌酶增高才能夠治愈。兒童心肌酶增高的治療，要根據病因來進行處理，不僅僅是限制運動、營養心肌的治療手段。