萎縮性胃炎是否嚴重，不能一概而論，與非萎縮性胃炎如淺表性胃炎相比，相對較為嚴重，但與癌前病變如腸化生、異型增生，以及胃癌相比，則嚴重程度較低。對于慢性萎縮性胃炎，根據發生萎縮的部位不同，嚴重程度也不完全相同，如發生在胃竇部的萎縮往往因長期幽門螺桿菌感染未根除，出現胃竇部幽門腺減少，稱為胃竇部萎縮性炎癥，治療效果較好，可通過藥物逆轉萎縮。而胃體部萎縮主要是胃體腺體減少，表現為低胃酸狀態，患者壁細胞減少，導致酸分泌減少，進而呈低胃酸狀態，出現消化不良及葉酸、維生素B12吸收缺乏，可能會出現惡性貧血。胃體萎縮性胃炎往往與免疫狀態有關，患者可能會出現免疫紊亂，屬于免疫系統疾病，與遺傳有一定關系，治療上比胃竇部萎縮性胃炎更困難，同時更為嚴重。