舌咽神經痛的癥狀與三叉神經痛比較類似，可以見于中年患者，可能是突然發生在舌根部、咽部、扁桃體一側電擊樣劇烈疼痛。有時疼痛比較劇烈的情況下，可能對血壓和心率都會有一定的影響。舌咽神經痛也會由部分情況誘發，如說話、吞咽等動作。舌咽神經痛可能有兩種原因，一種是原發性舌咽神經痛，無法找到鄰近結構的改變，突發的舌咽神經痛。另一種可能會合并鄰近結構病變，比如扁桃體、舌根部、咽部的腫瘤等占位性病變。所以舌咽神經痛的發生比三叉神經痛相比發生率較低，如果是有舌咽神經痛，需要進一步區分是原發性還是繼發性。繼發性多見于顱底等部位，可以是橋小腦角腫瘤等病變引起。