氣管腫瘤并發癥最主要的是氣道梗阻，氣管內發生腫瘤后會把氣道堵塞，早期因為腫瘤可能較小，癥狀不典型，主要表現為咳嗽、咳痰、氣喘及少許痰中帶血，因此容易被誤診為普通肺炎或哮喘。對于反復咳嗽、氣喘不能緩解的病人，要考慮氣管內腫瘤的可能性。如果氣管內腫瘤逐漸生長，體積逐漸增大，增大到50%以上，患者會感到呼吸困難、胸悶、氣急等癥狀。如果不及時治療，隨后有可能會發生嚴重并發癥，即窒息，患者可能發生死亡。 如果氣管為惡性腫瘤，隨著病情進展會侵犯周圍組織器官，如周圍血管、神經、縱隔、肺部及淋巴結，因此會出現聲音嘶啞、呼吸困難、吞咽困難、進水嗆咳、食管氣管瘺及頸部淋巴結腫大。還可以并發肺部感染，因為把氣道堵塞后細菌會在肺部形成感染，使用抗生素效果不是很理想。