通常結膜囊腫并不會自己消失，一般需要通過較小的手術或者通過治療進行解除。不同時期的囊腫，其處理方法也有所不同，具體如下：1、早期：剛形成的結膜囊腫一般體型較大、囊壁較薄，可以采用穿刺的方法進行處理，使用穿刺針將結膜囊腫穿破，并破壞囊壁，由于囊壁較薄易破壞，不僅可以破壞掉結膜囊腫，還將囊壁完整性也破壞。如果囊壁的完整性破壞較徹底，不會再重新形成囊腫，可以解除囊腫；2、后期：如果囊腫形成時間較長，而且囊壁又厚又韌，如果出現這種情況，采用穿刺方法破壞囊壁，可能會導致囊壁愈合，重新蓄積液體形成完整的囊，通過這樣的簡單穿刺處置達不到消除效果，建議進行手術切除，切開球結膜后將囊腫完整切除，再將結膜進行縫合處理。