肛周膿腫術后復發的治療和肛周膿腫初次治療基本一樣，但一般如果復發，仍然在原部位生長，這時往往將其認為是肛瘺，會按照肛瘺的治療方法進行手術。肛瘺的治療一般需要手術治療，一般通過保守治療無法治愈。肛瘺手術又根據瘺管的深淺有不同的治療方法，如果瘺管內口位置比較深，此時一般采取掛線療法。如果位置非常深，掛線療法已經不足以切斷里面的組織，此時一般進行引流或者進行主動的沖洗引流。 如果肛瘺瘺管比較淺，可以采取切開瘺管的方法或直接切除瘺管的方法進行治療，因此具體采用何種手術方式需要根據內口和瘺管的位置決定。一定要注意術后會復發存在兩個原因，術后可能沒有注意養成好的飲食習慣和排便習慣，可能術后在切口愈合之前存在分泌物，沒有及時進行坐浴或者處理，切口表面愈合，而內部沒有愈合，導致分泌物無法排出，在身體免疫力下降的時候會出現復發。