腸溶膠囊主要的作用是使藥物在小腸中釋放，此作用是通過腸溶的特殊工藝實現。部分藥物可能會對胃有較大刺激，將其做成腸溶制劑，即可使藥物減少對胃腸道的刺激，如阿司匹林，可能對患者的胃有一定刺激性，可能會損傷胃，將其做成腸溶膠囊制劑，使藥物定位在小腸釋放，避免對胃腸道的反應。某些藥物本身的性質使其不能在胃中釋放，因為胃內屬于較酸的環境，可能對此藥物的性狀有一定破壞。將其做成腸溶膠囊制劑，可以免受胃酸破壞，從而對藥物性質、作用起到保護的作用。