膀胱灌注因為要用到化療藥物，也屬于一種化療。因為膀胱癌局限在膀胱內，膀胱灌注化療是治療膀胱癌最常見，也是最主要的方法。通過將化療藥物打到膀胱里面做灌注，能使化療藥物在膀胱內，使化療藥物跟膀胱內做緊密的接觸，可以控制腫瘤細胞，抑制分裂、抑制生長。膀胱灌注會有副反應，因為膀胱的黏膜對化療藥物非常敏感。在使用膀胱灌注化療的時候，可能會出現膀胱黏膜損傷、血尿，有些患者在治療之后，發現小便帶血，就是因為化療引起的黏膜損傷。 同時會有膀胱的刺激癥狀，患者會出現尿頻、尿急、尿痛，在小便的時候會有不適感覺，頻繁小便但是沒有小便出來，就是膀胱刺激癥狀，這些都跟化療具有明確相關性。化療藥物也會引起骨髓抑制，導致患者白細胞、血小板以及血紅蛋白下降，都跟所選用的化療藥物相關。如果產生副反應，進行膀胱灌注之后可以使用減輕反應的藥物，比如可以使用激素類的藥物、止血的藥物。