肛周膿腫目前有完全切開術或者切開引流加掛線等根治手術。尚無微創的根治手術，肛周膿腫切開引流、細針穿刺抽膿或者B超引導下穿刺引流，都屬于創傷比較小、緩解癥狀的手術方法，但不能徹底根治。 通過上述引流方法處理后往往會形成肛瘺，在Ⅱ期肛瘺手術時可以采取微創的方法治療，比如肛瘺掛線術、瘺管清創加纖維蛋白膠注射、肛瘺栓填塞術、括約肌間瘺管結扎術、括約肌間瘺管結扎加肛瘺栓填塞術，以及視頻輔助下肛瘺治療術等。 視頻輔助治療肛瘺這種方法是近幾年才興起的一種新的微創治療辦法，是通過瘺管鏡插入到瘺管腔內，然后搔刮瘺管內的壞死組織，術后加用蛋白膠封堵瘺管腔，然后再縫合瘺管內口。