很多疾病不能斷根，但是有些病原體可以清除，肺炎支原體是少數細菌中能完全清除的病菌。一般支原體感染以后，患者可使用大環內酯類藥物治療，尤其是紅霉素，治療2周或者2周以上，理論上都可以清除病原體。 支原體感染不如其它細菌感染或者其它病原體感染需要較長治療時間。比如結核菌要治療半年至1年，甚至更長時間；真菌、霉菌也要治療較長時間，有些細菌需要治療1-2個月，比如金葡菌。所以支原體、衣原體感染治療較快，但是患者會有感染或者復發，患者需要重視。如果基礎疾病中，比如哮喘、有慢性支氣管炎的患者，經常會有病原體感染，基礎疾病不治愈，患者病情會反復。