在臨床上，并沒有下呼吸道感染最佳的用藥。下呼吸道感染的最佳用藥，通常是各種不同類型的抗感染藥。因為無論是哪種病因導致的下呼吸道感染，止咳、化痰、解痙、平喘的用藥都相同。所謂不同之處，就是不同類型的抗感染治療。不同類型的抗感染治療，主要是依據導致下呼吸道感染的不同病原體，可以采取不同的抗生素。無論下呼吸道感染是支氣管炎、肺炎、胸膜炎，如果導致支氣管、 肺炎、胸膜炎是結核，就要選擇抗結核的抗生素。如果導致下呼吸道感染的病原菌是各種革蘭氏陽性球菌或革蘭氏陰性桿菌，可以選擇不耐藥的廣譜抗生素。如一代、二代、三代、四代類的頭孢，以及碳青酶系列的抗生素。至于選擇一代、二代、三代，還是四代，主要依據感染的嚴重程度。通常不同類型的肺炎，一定比支氣管炎要嚴重。如果導致下呼吸道感染的原因是真菌，就要選擇不同類型的抗真菌藥。如果分析導致下呼吸道感染的是耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，選擇抗生素就要選擇糖肽類，譬如萬古、替考拉寧、利奈唑胺等。如果導致下呼吸道感染的是耐藥的革蘭氏陰性桿菌和不耐藥的革蘭氏陽性球菌，可以選擇幾種酶制劑，如頭孢哌酮、舒巴坦、哌拉西林、他唑巴坦。對于下呼吸道感染，不同類型的感染，主要是抗感染。抗生素的選擇需要依據導致下呼吸道感染的致病菌，單獨用藥或者聯合用藥。