桉檸蒎腸溶軟膠囊的不良反應，主要有胃腸道不適和過敏反應。胃腸道不適包括惡心、腹痛、反酸等癥狀，而過敏反應有皮疹、面部浮腫、呼吸困難和循環障礙。通常桉檸蒎腸溶軟膠囊的不良反應都比較輕微，基本不用干預患者即可自行耐受，但如果發生比較嚴重的惡心、嘔吐、皮疹、呼吸困難等病癥，則建議立刻停藥并就醫，由醫生通過胃鏡檢查，或血常規來進行評估。如果出現胃炎、胃潰瘍等病癥，患者則應遵醫囑服用奧美拉唑片，或瑞巴派特片等。如果是過敏反應，則應遵醫囑服用馬來酸氯苯那敏片，或依巴斯汀片等抗過敏藥。桉檸蒎腸溶軟膠囊是通過改善氣管黏膜纖毛運動，促進呼吸道腺體分泌，并增加黏液的移動速度。而發揮祛痰作用的黏液溶解性祛痰藥，臨床適用于急慢性鼻竇炎、支氣管炎和肺炎等呼吸道疾病的輔助治療，其主要成分為桉油精、檸檬烯和α-蒎烯。由于并沒有靶向性，或選擇性，因此桉檸蒎腸溶軟膠囊的藥理作用，可能會影響患者全身的器官，從而出現治療目的以外的有害作用，即不良反應。