口腔白塞氏病的病因與遺傳、免疫、感染、微量元素缺乏有一定關系，免疫因素會導致局部口腔黏膜的免疫出現異常，抵抗力可降低，易產生各種疾病。另外是感染因素，口腔跟外界相通，號稱體內四大細菌庫之一，所以口腔平時有很多細菌，但該細菌可形成平衡，形成競爭而相互抑制。當其建立平衡以后，該細菌反而不會致病，可稱作口腔正常菌群。一旦抵抗力下降或者內環境紊亂，有外來細菌的侵入，破壞正常的菌群。其它細菌進入后可進行生長，正常菌群存在時可抑制其它生長。但是平衡被打破時其它細菌進入就會引起感染，感染以后就會產生黏膜改變，可出現破潰，形成潰瘍。 白塞氏病有時可由于其它疾病或感冒，導致免疫紊亂，出現局部皮膚黏膜破潰，形成潰瘍。認為其與微量元素缺乏有關，所以要補充微量元素，可使免疫力、抗感染能力恢復。