甲硝唑屬于針對厭氧菌感染的藥物，尿道炎大多數為革蘭氏陰性桿菌感染，如大腸桿菌比較常見，尿道炎時服用甲硝唑，并不是特別對癥。如果通過尿培養，檢測出尿液中含有厭氧菌感染，此時才推薦應用甲硝唑類抗厭氧菌藥物進行治療。對于大多數或沒有特殊病原體感染的尿道炎，更多建議通過廣譜抗菌素進行治療，如常用的喹諾酮類抗生素，左氧氟沙星，或二代、三代頭孢類抗生素，以及磷霉素等，均可以有效治療大多數尿道炎。