沙眼衣原體可以感染不同部位，臨床最常見的是性傳播途徑感染沙眼衣原體。大部分感染后沒有癥狀，不到20%感染者會出現癥狀。因其沒有癥狀，可能忽略治療，引起慢性感染，比如女性可能會引起宮頸炎、陰道炎，男性可能會引起尿道炎和睪丸炎。慢性感染狀態宮頸炎可能會有下腹疼痛以及不孕不育等危害，少數有明顯癥狀患者，可能有陰道異常分泌物，男性可能會有尿道分泌物。它與淋病不同，淋病是膿性分泌物，衣原體可能是透明清澈的分泌物，可能會伴隨排尿時明顯的排尿困難癥狀，還會引起結膜炎和眼睛充血和疼痛。要根據不同部位考慮是否有感染可能性。